Ciao spillo.
Premetto che anche io sono un neofita ed uso l'aerografo da poco, quindi prendi con le pinze quello che scrivo.
Per il discorso colori nel modellismo si usano sia acrilici ad acqua od alcol tipo i tamiya o vallejo, ma anche altri a solvente tipo i smalti della humbrol. Ho citato i più noti, ma utenti più esperti di me potrebbero aggiungerne altri o addirittura dirti che vanno bene anche quelli dei colorifici.
Io personalmente ne sto provando diversi e posso dirti che non sempre quelli che vendono per aerografo sono meglio di altri. Con la linea per aerografo della Vallejo per esempio mi sono trovato male ed ho dovuto studiare un po' di diluizioni per usarli senza problemi, mentre con i Tamiya ed i Gunze ho lavorato bene già solo diluendoli al 50% e questi non sono appositi per aerografo.
Per gli smalti mi sembra di aver letto che siano migliori per l'aerografo perché hanno pigmenti più fini, ma non ho provato perché non mi va di usare solventi con la penna che ho ora.
Per il discorso trasparente credo serva sempre, io ho imparato ad usare il lucido prima di fare lavaggi per l'invecchiamento cosi il colore corre meglio lungo le linee del modello ed opaco alla fine che mi copre aloni o piccole imperfezioni. Poi dipende dalla finitura o nel caso ci siano decal da applicare.
Una attenzione da fare è riguardo la compatibilità tra tipi di colore diversi (smalti, acrilici, lacche ecc), ma su questo sto ancora studiando dopo che la trementina mi ha portato via il trasparente ed il colore sotto su un modello

Spero di essere stato comprensibile