Ciao! Sono anch'io un po' alle prime armi, per cui non ho risposte su tutto...spero ti possa essere d'aiuto il mio parere su alcuni dei punti che hai elencato...
1- Non ho l'aerografo e non l'ho mai usato... Uso bombolette per le carrozzerie e pennello per il resto. Riguardo l'annoso problema del trasparente (trattato motle volte qui sul forum), dipende un po' dal risultato che vuoi ottenere... Su molti modelli di auto "datate", secondo me sta bene anche non metterlo. In fondo, la maggior parte delle vernici da usare sulle carrozzerie hanno già una finitura lucida! Ad esempio, io sulle auto "GT" che ho fatto non ho mai dato trasparente finale, perchè la finitura già mi sembrava buona.Sulle auto da rally con molte decals invece magari si possono fare altri ragionamenti tipo protezione maggiore delle decals nel tempo... Cmq non ho esperienza su auto da rally, quindi passo la parola a chi è più esperto di me sull'argomento.
Riguardo i vetri: no, non andrebbero passati col trasparente. Personalmente, io i vetri li monto alla fine, quando la scocca è ultimata e completamente verniciata, anche perchè mascherarli per dare il trasparente mi sembra un lavoraccio...
2- Mi spiace, qui passo...nessuna esperienza con i rally!
3- Per tagliare le decals (ad esempio sulle linee di giunzione dei pannelli) io uso la lama di un bisturi, mai provato con uno suzzicadenti...forse non è lo strumento adatto per bucare le decals...prova con uno spillo e poi se vuoi puoi allargare successivamente il buco! Dopo aver posato le decals, io le liscio sempre passando un cotton-fioc imbevuto d'acqua per stenderle bene. Poi, se necessario, seconda passata con un altro cotton-fioc imbevuto di Micro-set e si stendono che è una meraviglia!
4- Personalmente, prima finisco tutta la scocca e poi la monto sul corpo vettura...ma ciascuno ha i suoi metodi di lavoro, non esiste "quello giusto"! Sperimenta e vedi come ti trovi meglio!
5- Secondo me lo stuzzicadenti non ti aiuta a distribuire bene la vernice come un pennello. Io negli spazi stretti uso un pennello dimensione 00 e...tanta pazienza!

Con un po' di esercizio, si riesce a mantenere la mano ferma...
Spero di esserti stato d'aiuto nel mio piccolo, ciao e buon smodellamento!