dico la mia sui tre errori che dici di aver fatto.
Hai usato tutta la lunghezza del listello. Secondo me non è così grave. Il problema sta nel fatto che certi listelli devono essere più corti ed incunearsi tra i due adiacenti e non arrivare alla ruota di prua o dritto di poppa, perchè altrimenti, anche rastremando, spesso questi si devono torcere eccessivamente per seguire l'andamento delle ordinate aggiungendo così altri problemi probabilmente non risolvibili. Se il secondo fasciame l'hai terminato e non hai avuto questi "altri problemi", allora è andato tutto ok.
Tieni conto che in certi scafi, a causa delle loro curve, i listelli a prua e poppa tendono a torcersi parecchio se si vogliono far aderire bene alle ordinate e questo non va bene. Si usa quindi accorciare il listello lasciando a quelli adiacenti il compito di chiudere il buco i quali hanno delle torsioni diverse provenendo con un angolatura differente (discorso complicato, contorto, ma che chi ci è già passato capisce bene).
Il fatto poi che storicamente non sia corretto usare un intero listello da poppa a prua non lo vedrei un grosso problema.
Secondo me è più facile all'inizio montare un unico listello la cui posa risulterà con una bella linea dritta. Spezzarlo in più parti si rischia di montarlo a zig zag se non si ha la manualità necessaria (che si forma con l'esperienza) e alla fine il risultato estetico non è poi così gradevole.
Altra considerazione: spezzando il listello spesso si notano eccessivamente le differenze di venature tra una parte e l'altra e anche questa cosa, personalmente, non mi piace. Osservando bene le navi antiche non si nota questa differenza tra le varie tavole del fasciame.... si ha una visione abbastanza uniforme. Se l'effetto finale del modello deve essere quello del un parquet di una camera da letto, beh.... allora è preferibile usare listelli lunghi.
secondo errore: non hai fatto la rastrematura. Questo si che è un problema. Senza rastremare risulta davvero complicato se non imossibile montare il fasciame. I problemi che riscontri li devi per forza risolvere in maniera alquanto drastica con chissà quali risultati estetici.
Riesci a mettere qualche foto del tuo scafo? Ti si possono indicare così i punti dove il lavoro deve essere svolto diversamente.
terzo problema: lo stucco.
Se è il male di stuccare qualche piccola fessurina in parti poco visibili, perchè no. Devi solo valutare se è meglio vedere quella fessura o un riempimento di stucco. In questo secondo caso puoi mescolare allo stucco per legno del mordente color noce in modo da dargli già da subito il colore adatto. Attenzione però: NON ABUSARE DELLO STUCCO. Non pensare: "posso permettermi di non essere troppo preciso, perchè tanto mi salva poi lo stucco"

Questo non va bene. E' un rimedio estremo per problemi altrimenti irrisolvibili che è meglio però prevenire