Il root è una operazione che ti consente di ottenere permessi speciali (permessi di root appunto) per accedere ad alcune aree nascoste del sistema operativo. Ti consente di eseguire il backup, ripristino e congelamento delle applicazioni, oltre ad aggiungere diverse opzioni al sistema operativo.
CWM sta per ClockWorkMode ed è una modalità di accensione che ti permette l'installazione di diverse applicazioni e funzioni sul dispositivo (a patto di avere il root), come il cambio del software di gestione della fonia, l'installazione di funzioni speciali come barre nella notification bar, eseguire backup completi, etc.

Cose molto carine se uno è uno smanettone. Ma alla fine Android è fatto per smanettarci e modificarlo...