non ho capito se la tua è mera curiosità o se vuoi risolvere il problema
per il primo caso, non so aiutarti, posso solo ipotizzare che ogni programma "dialoga" con la stampante in maniera diversa magari facendola lavorare con diverse risoluzioni di stampa, visto che il file è ovviamente lo stesso
se invece vuoi risolvere il problema, almeno con photoshop che uso e un pochino conosco, puoi impostargli direttamente i valori in mm della stampa, indipendentemente da quanto è grande o piccolo il file che vuoi stampare, in sede di stampa puoi dargli le misure precise di quanto vuoi che esca grande
