No, non preoccuparti per aver passato l'olio paglierino, la chiodatura la puoi comunque fare tranquillamente ancora.
Per il problema dell'ordinata, sembra quasi che ci sia stato uno scambio tra quella precedente e questa nel montaggio, perche' mi sembra strano questa diversita' di dimensione. Prova a controllarne la corrispondenza sui piani.
Nel caso sia invece giusto, poterbbe esser dovuto ad un incollaggio magari non proprio perpendicolare, ma non preoccuparti, cerca di ridare la forma giusta all'ordinata come dici tu aggiungendo un listello di costa dove manca e scartavetrando finche' non ottieni il giusto profilo. Naturalmente sempre tenendo sotto controllo l'altro lato.
Buon Lavoro
Alex