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Le immagini, vista la risoluzione, non mi consentono di approfondire l'analisi, però alcune risposte forse riesco a dartele.

La tua ipotesi è quella giusta: occorre fissare il punto zero di riferimento ed il profilo inferiore della chiglia può andare bene. Ad una condizione: che la chiglia sia nei tuoi piani perfettamente orizzontale, altrimenti devi tener conto della eventuale inclinazione. Nel naviglio olandese, che conosco un po' di più, questo è - ad esempio - un fattore da tenere in seria considerazione.

Nei piano mdelle ordinate i ponti sono necessariamente disallineati perchè non sono dritti ma hanno un - più o meno accentuato - inarcamento; tecnicamente si chiama insellatura. Essendo le ordinate rappresentate a metà (lato sinistro: semiordinate da poppa verso prua - lato destro da prua verso poppa) ... nel profilo verticale centrale trovi l'altezza che hanno, rispettivamente, il ponte all'estremità di poppa (lato sinistro) ed il ponte all'estremità di prua (lato destro). L'altro fattore che devi considerare è l'inarcamento laterale dei ponti che tecnicamente si chiama bolzone; corrisponde ad un arco di cerchio del 2-3% il cui profilo è comunque visibile nei tuoi disegni.

Le ordinate, nei disegni, sono in numero elevato perchè devono consentire i rilievi delle misure. Di solito, al momento della realizzazione del modello ne viene utilizzato qualcuno in meno, soprattutto in zona centrale laddove la curvatura delle forme è meno accentuata. Potrebbe darsi il caso di doverne per contro realizzare qualcuna in più alle estremità, laddove il profilo è più problematico; in questi casi si va per interpolazione tra le ordinate vicine, aiutandosi con le sezioni verticali ed i piano d'acqua (le sezioni longitudinali) .... ossia quelle strane linee tondeggianti che vedi negli altri disegni.